自然分蜂是指等待分蜂后收回分蜂，养蜂人在作业时应立即收回分蜂；人工分蜂是指在蜂群没有分完的情况下进行人工分蜂，养蜂人需要掌握一定的技术才能完成，所以自然分蜂在操作难度上比人工分蜂简单。

在一定程度上，自然分蜂几乎是不可控的，从蜂群中出现蜂王台随时都有可能发生，但人工分蜂完全可以决定分蜂的时间，只要蜂群中有成熟的蜂王台就行，所以人工分蜂比自然分蜂好，尤其是在分蜂期，肯定会让养蜂人手忙脚乱。

自然分蜂是蜂群的自然行为，相对较少的蜜蜂返回(蜜蜂返回原巢)；人工分蜂是养蜂人逼的。如果操作不当，很容易回蜂，尤其是蜜蜂之间距离太近的时候。因此，自然分蜂优于人工分蜂。