最开始是一个少年，自称暴龙改造者，他可以制作魔环让数码宝贝失去心智。
其实这个少年叫一臣寺贤，也就是小贤，他也是个被选召的孩子。小贤被黑暗力量影响了，丧失了本心。
第二部的主角团以本宫大辅为主，大辅是太一在足球队的后辈，年纪也小几岁。最开始主角团和小贤控制的数码宝贝打。
后来，小贤受黑暗影响，创造了一个基米拉兽，非常强大失控了。小贤最后醒悟了，他的徽章发出光芒，让大辅的V 仔兽进化成金甲龙兽，消灭了基米拉兽。
后来，黑暗势力卷土重来，创造了大量的黑暗之塔变成的数码宝贝，其中一只还是黑暗战斗暴龙兽，十分强大。
主角团，进化成完全体，可惜仍然屡战屡败。
后来，进化成了究极体，主角的究极体，帝皇龙甲兽，十分强大。
黑暗世界的七大魔王之一，究极魔兽，带领他三个强大的手下，进攻人类世界。
主角团，打败了三个手下，并且把究极魔兽赶回黑暗之海。
黑暗战斗暴龙兽找不到生存的意义，于是大战太一的战斗暴龙兽。
原来黑暗势力的源头是吸血魔兽，他没有死，再次进化成究极体，贝利亚吸血魔兽，而且实力十分强大。
主角团得到人们的帮助，一起打败了贝利亚吸血魔兽

数码宝贝第二部大结局

所有人的儿女又去数码世界冒险地球正逐渐被黑暗力量侵蚀。大辅他们仍不断地尝试阻止极恶吸血魔兽，但每次都被打倒。后来，所有被选中的孩子的神圣计划的光的力量驱散黑暗，并使他们的数码暴龙进入数码世界。终极吸血魔兽的力量被削弱，但是被植入黑暗种子的孩子泄气的话却又让黑暗力量有机可乘。大辅他们用真心的话让他们明白只要相信有实现梦想的力量，梦想一定会实现。最后，他们也有了数码暴龙搭档了。最后，帝皇龙甲兽战士形态用超级死亡彻底打败极恶吸血魔兽。及川就要死了，他却遇上自己的数码暴龙搭档，使他非常感动。他用信念牺牲自己修复了数码世界。二十五年过去了，数码世界已经与现实世界密不可分了。每个孩子都有自己的数码暴龙搭档，能与他们一起去冒险了
。
日语正宗结局里，里面没有说什么，跟中文版的一样。官方曾经在一个发表会上说武嘉不是一对，最后并没有在一起，里面他只说贤京是一对之外，另外的一对是和空，和空也是一对的，只是没明说。所以最后只有贤京和和空，武嘉并不是一对。这是原文。前作では恋爱要素は皆无に等しかったが、今作では恋爱要素も盛り込まれている。しかし、伏线などはハッキリしておらず、话の流れに関系する部分はない。特に38话でヤマトと空が恋人になった事が判明した时は、当の空役を演じる水谷优子も自身のラジオ番组で「太一と结ばれる物とばかり思ってたので残念」と语るほどであった。
上记の様に作品内で唐突ながらもカップルが诞生したにも関わらず、最终话でナレーションで结婚したと说明されたのは、それまでに恋爱要素は无く、结婚した理由が「声优同士の仲が良かったから」と02DVD-BOXブックレットで说明されている贤と京のみであり、ヤマトと空の结婚については触れられず、说明不足による混乱も引き起こされた。
また、関弘美プロデューサーが2002年にVジャンプにゲストとして登场した际の质问の回答にて、タケルとヒカリも恋人にはならず、结婚もしてないと発言した。この事について、発言を撤回させる为の活动がネット上で起きた事もある。この时、ヤマトと空が结婚した事にも钉を刺されている。[1]
反面「作品内でカップルにならなくても结婚していることはありうる」「结婚について最终回で语られなかったから结婚してないとは限らない」「后に作品外でハッキリと否定されたのは一组だけで、他は未确定状态で放置された」という状况も生まれ、未来の彼らについての、不确定な、ファンの想像の余地のある部分も结果的に生まれたとも言える。
这是日文的。