神原拓也、源辉二、织本泉、冰见友树、柴山纯平、木村辉一六位孩子受到神圣天女兽的召唤，进入数码宝贝世界，利用斗士精神进化成数码宝贝拯救了世界。

2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃……

古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子……

主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码宝贝，投入这场冒险与战斗的旅程！