神圣天使兽把小丑皇封印了，最后又出现了黑暗数码兽，它是所以邪念的集合体，也会之前数码宝贝的所有技能，它还破坏了徽章，使数码宝贝不能进化。

然而经历重重困难的孩子不用徽章也能进化，最后大家齐心协力打败了最后这个大bos。然而数码世界的大门就要关闭了，孩子们只能与自己的伙伴道别，回到现实世界里。