很久以前(这是指数码世界的时间，此辑的数码世界与第一辑一样，数码世界的时间过得比现实世界快很多)，数码世界中的主力人型和兽型数码精灵发生冲突，六翅兽调停了这次冲突并成为数码世界的皇帝，后来他变得残暴，不断虐待他的子民，这时出现了十斗士，打败并封印了六翅兽。然而，十斗士消失了并化为战魂，受三大天使掌管。此后数码世界在三大天使的管治下得到和平。

可是有一天，数码世界出现了新的黑暗势力，三大天使之一基路比兽受邪气感染，很多数码精灵被基路比兽传染而变得残暴，不断吞食数码世界。数码世界有十个战魂，归于三大天使(究极天使兽、神圣天女兽和基路比兽)，作为三大天使之一的他拥有了其中五个(土、水、木、钢和暗)，他们也变成了邪恶斗士，并四处破坏，现实世界有许多小朋友收到了来自数码世界的求救SMS，最终有6位变成了传说中的斗士(其中的辉一本是邪恶斗士)，踏入数码世界。最初，他们都不合群且自我中心，然而随着剧情发展，他们都变得成熟。

途中与邪恶斗士角力，最后5位邪恶斗士被逐一击破，救出被黑暗操控的辉一，并打败基路比兽。

然而基路比兽死后，黑暗势力并未消散，6位小朋友在后来发现了基路比兽被六翅兽操控，而基路比兽并不知情。六翅兽派出杜纳斯兽和剑皇兽继续吞食数码世界，只要数码世界被消灭，六翅兽便会醒来。这时数码世界加快解体，最后六翅兽复活。六翅兽的野心比以前大了，除了要消灭数码世界外，还要征服现实世界。幸好，六翅兽的企图被小孩们阻止。

最后，六翅兽被消灭，数码世界完全恢复，由于三大天使已死去变回成长期(数码精灵死后会复活，但前生的东西都会忘记)，数码世界由十斗士掌管。6位小孩在这个旅程学到很多东西。