1、照明源不同。

数码显微镜所用的照明源是电子枪发出的电子流，而光学显微镜的照明源是可见光（日光或灯光），由于电子流的波长远短于光波波长，故数码显微镜的放大及分辨率显著地高于光学显微镜。

2、透镜不同。

数码显微镜中起放大作用的物镜是电磁透镜（能在中央部位产生磁场的环形电磁线圈），而光学显微镜的物镜则是玻璃磨制而成的光学透镜。数码显微镜中的电磁透镜共有三组，分别与光镜中聚光镜、物镜和目镜的功能相当。