讲述在很久以前，独立于地球之外的数码宝贝世界由大量的数码密码组成，上面生活着人形、兽形两种数码兽。

远古时代，人形、兽形数码兽之间总是发生冲突，数码世界战争不断。

就在战火纷飞的时候，光明兽以一己之力平息了数码兽之间的战争，成为了数码世界的统治者。

但后来，他逐渐变得专制、独裁，并开始不断地虐待身边的数码兽，最终十斗士挺身而出，将他封印在了数码世界的黑暗区域。

封印光明兽之后，古代十斗士将斗士之魂交付给数码宝贝世界的三大天使掌管（炽天使兽、智天使兽、座天使兽），此后，数码世界在三大天使的统治下得到和平。