身为ライトファング一员的主角来到斗技场后，和朋友一起观看了一场比赛后往上方的路走准备进行与ナイトクロウ的擂台赛，总共3连战，都非常简单。全打完后出去遇到竞争ナイトクロウ的首领ジュリア并与之交谈，随后回去与裁判对话再次进行擂台赛，对手为月光版女主角サヨ，比前面几个对手要强很多。胜利后往斗技场入口处走回发生剧情，随后往朝下方走几个场景与朋友们会合。进入左边的传送点到达休息处与テイルモン对话后发生剧情，大部分数码兽被一个奇怪的东西利用病毒变回了数码蛋以及成长期的形态，连主角的3个也不例外。返回グレア所在的那个场景会遇到那个怪物，与之交战，此战比较耗时，因为敌方攻击力不高但HP很多，我方也因为被退化而战力大减。虽然打败了怪物但还是让它跑了，剧情过后出门往下走一个场景来到原本有两个数码兽看守的传送点那里，现在他们允许主角通过了。进入后看到朋友们进入了前方的传送点，随后跟过去，进入地图画面后选择有Quest字样的地方来到ログインマウンテン，场景虽然很简单，只有一条路，但我方此时战力相当有限，尽量多练几级再前进吧。走到尽头处遇到朋友被アクィラモン所困，上前解决它，HP多速度快，攻击力也不算低，打起来要留意使用回复药。解决掉BOSS后从传送点回到城里，去グレア所在的地方生剧情，3个朋友已经顺利回来了，剧情过后离开房间剧情式到达执行委托任务的房间，现在的任务就是完成各个柜台提供的支线任务来提升任务完成数 ，从而发展剧情。完成任务的方法很简单，先接任务，再看任务栏的说明，两行字里面上面是指定地点，下面是委托人的名字，每次进入场景屏幕下方都会有场景名称，很好找的，任务一般都是找人或找东西，还有就是战斗之类的，没什么难度。完成两个支线任务后在セラフィモン的柜台处可以接グレア的主线任务，刚到グレア所在的房间就看到グレア和两个人在谈话，随后前去地图上的指定地点リミットバレー完成任务，这次的任务地点是在高山上，由于有许多桥所以看起来有很多路，实际上很好走，在见到BOSS之前先好好练一下级，该进化就进化一下，走到场景的尽头处于遇到那个制造病毒的怪物，它先叫了只シーサモン和主角打，干掉后又叫了3只数码兽，主角被包围了，此时在グレア那里见过的两个人前来帮忙，杂兵交给他们，主角对付怪物，怪物现出了原型ゲリムモン，这是游戏中面对的第一个大型BOSS，攻击力虽然不算高但速度很快，由于这家伙占两格，所以尽量使用打两格的招数会得到比较好的效果，战胜它后回去找グレア交差，再去セラフィモン那里领取报酬。现在继续接支线任务，完成2个后再去セラフィモン的柜台处接グレア的主线任务，来到グレア的所在处了解情况后，去地图上的ループめま，这次是沼泽地，要通过很多快速的漩涡才能到达其他场景，看起来很复杂，实际上也就一条路，尽头处会遭遇ワルシ-ドラモン，几句话后开打，战后从它那里获得重要道具Dワ-ド，将这个道具交给グレア就可以使城里的数码兽恢复原来的形态了，事办完后回セラフィモン那里领取报酬并继续做支线任务。仍然是完成两个支线后可继续在セラフィモン的柜台处接主线任务，去找グレア了解情况后，到地图上的レジスタジャングル完成任务，这回是在大森林里，首先要面对两条岔路，走下面的那条，有条路需要绕道将障碍物去除才能通过，路上会遇到月光版本的人，将其打败后继续前进，在尽头处与月光版女主角サヨ对决，虽然她实力很强，但以现在的等级打败她应该没什么难度，胜利后回去报告。继续做两个支线任务后接主线任务，找グレア聊过后,出门后聊过后前往地图上的パレットアマゾン ，这里虽然有很多岔路，但却有很多宝箱，多走走有好处，走错了就当拿道具吧，走到某个场景后可以看到同伴们以及敌方的数码兽首领スピノモン，上前说几句话后就要开打，先把两个フーガモン干掉才能和スピノモン交战，又是个占3格的大家伙，不过除了皮厚些以外好像也没啥本事了，战胜它后得到M-Dワ-ド，把这个带回去交给グレア完成任务。继续完成支线，完成2个后接リットン的主线任务，由于这次グレア不在，所有由リットン来代替他说明情况，在他那里了解情况后去地图上的スリラーいせき，这里似乎是一座神殿，走边上的紫色的传送点进入其他空间，走一段路回到神殿场景后再往上走一点路就能到达终点了，首先会被4只ツカイモン围攻，4个成长期的家伙打起来实在太轻松了，轻松解决他们后首领ガイオウモン会出现，一番交谈后主角的手下败将ワルシ-ドラモン与スピノモン也分别从两边出现了，原来ガイオウモン是它们的大哥，这回它们打算联手消灭主角，这时月光女主角サヨ赶来帮忙，主角只管收拾ガイオウモン就行了，另外两个交给她。ガイオウモン的实力很强，攻防一体化，多用大范围的招解决它吧。胜利后回去找リットン交差，回任务柜台拿报酬后再接2个支线。继续接主线任务，在リットン那里得到任务情报后出门正巧碰倒同伴，当他们得知グレア不在后便决定集体去寻找，众人来到テイルモン所在的休息处商量行动方案，众人为了是否找自己的竞争队伍帮忙而争论起来，期间出现选项，选哪个都可以，主角通过数码暴龙机把サヨ叫了过来，一段剧情过后前往地图上的アクセスひょうが ，这个迷宫是由两个场景组成的，虽然此时的所在地是冰原地带，但实际上此次的目的地是海底场景的マクロのうみ，因此要找到下海的管道，进入海下后往中间的位子走，通过中央的管道再次来到冰山上（如果没有完成过这个场景的支线任务，那么在进入管道前需要在左上方场景找到门的开关才行），此时看到サヨ正在和ゲリムモン对峙，而自己的首领グレア以及其他同伴已经全都被病毒攻击而晕过去了，连サヨ也没能逃过这一劫，当主角也受到同样的攻击时则发生了意想不到的事，病毒对主角竟然不起作用，ゲリムモン随之逃走，当サヨ和グレア清醒过来后，グレア的数码兽搭档オファニモン则向主角们杀了过来，这家伙喜欢玩全体攻击，但攻击力一般，很容易对付的。胜利后回总部商讨下一步的计划，中途出现选项，随便选一个即可，剧情过后到柜台处交差并继续接支线任务。再次接主线，先去总部发生剧情，接着去打地图上的新场景プロキシアイランド ，这是个很大的岛，需要走很长的路才能找到BOSS，因为迷宫比较大，具体怎么走就不说了，反正岔路不多，不会迷路的，到达深处后遇到以前打败过的ワルシ-ドラモン，它见到主角就跑掉了，追上去就可以见到3个手下败将以及它们的老大グランドラクモン，ガイオウモン会先上来跟主角开打，这次他强了不少，不过仍然不是主角的对手，ガイオウモン败下阵来，グランドラクモン开始与主角交涉，此时出现选项，如果选择第一项，也就是给它钱的话就能避免战斗从而直接获得任务道具，但如果选了第2项不给钱那就必须要与它战斗了，这家伙差不多是ガイオウモン的强化版，攻防都很高，战斗时要小心，等级不不高的话可能就要打持久战了，解决它们后回去找グレア交差，随后去柜台处领取报酬并继续接支线。等级练得差不多了就可以去接通关前的最终任务了，接到后去总部找グレア谈话，此时ワルシ-ドラモン跑来说ダークムーンCITY出事了，主角等人立刻前去救援，先来到位于シャインターミナル的下方场景，遇到グランドラクモン等人，通过他们身边的传送点来到サヨ她们所在的地方，然后再进入她身边的传送点来到ダークムーンCITY，这里已经完全被控制了，所有的数码兽都像中了催眠术一样在重复说着某些话，在这里按顺序找到3个人并且与他们对战就能进入最下方的总部了，进入后见到ジュリア和CデュークモンC，很显然他们也被控制了，上前把CデュークモンC解决掉，2人恢复了正常，原来Cデュークモン是被敌人附身了，追着敌人进入总部深处的数码区域カオスブレイン ，追到最深处时见到ゲリムモン，此时它借助病毒的力量进化成了カオスグリムモン，此战要十分小心，BOSS本身不弱，而且后面还有一战，最好在战斗结束前把消耗的HP都补满。战斗胜利后对方进化为エグゾグリムモン准备再战，BOSS实力超强，速度也很快，虽然有3个受力点，但防御力高，等级不够的话会很吃力，在这持久战里有什么药就尽管使劲吃吧，反正这游戏不缺钱，胜利后就可以欣赏通关画面了。看完通关画面后读取存档会从休息处开始游戏，去接新的主线任务，接到后去总部找グレア对话，这次的目的地是新迷宫トランスフィールド,和上代一样，这个迷宫由4个小迷宫组成，最终迷宫是神殿，里面的敌人很强，没有一定的实力先不要来，最终迷宫是神殿场景，在进入最深处前最好先存个档，因为马上要面对90级BOSS的7连战，它们分别是スレイプモン、ドゥフトモン、アポカリモン、スサノオモン、ZDミレニアモン、アルファモン、オメガモン、ベルゼブモンBM、デュークモンCM，其中スレイプモン和ドゥフトモン以及アルファモン和オメガモン是两个一起上的，而且最后两个究极体实力超强，要做好当药罐子的准备，全都打败后可以获得デュークモンCM的数据，从边上的传送点回城找グレア交差，再去任意柜台拿报酬后这款游戏的流程基本就算完成了。如果与其他玩家连机过一次（对战，生蛋，换数码兽），斗技场等级已经拿到最高，并且通过了トランスフィールド迷宫的任务后就可以去接本游戏的最后一个主线任务，先去找グレア对话，得知这次的任务是参加斗技场的比赛，准备好药品和最强的数码兽队伍后就可以前往斗技场了，和裁判对话后进场，要连打5场，第1场的对手是サヨ，她的数码兽自然是月光版的ディアナモン，之外还有ロトスモン和MRガオガモン，不算太难打；第2场的对手是最新数码暴龙漫画版《デジモンネクスト》里的主角3人组ツルギ、ユウ以及ショウ，他们的数码兽同伴是ジオグレイモン、ペックモン以及ガオガモン；第3场的对手是来自动画《数码暴龙拯救者》中的ヨシノ和イクト，他们的数码兽自然是处于爆裂形态的ロゼモンBM和レイヴモンBM；第4场的对手是《数码暴龙拯救者》的主角マサル和トーマ，他们的数码兽是SグレイモンBM以及MガオガモンBM；最后一场的对手是コグレ，他的数码兽是上一代的最终BOSS神圣形态，也就是クロノモンHM，这场战斗还是有些难度的，至少比最终BOSS要难多了。战斗胜利后获得チッチモン的数据资料，回总部找グレア对话再去柜台那里拿报酬任务就算完成了。