食品流通许可程序包括申请、受理、审核、发放等。
一、申请
经营者向许可机关提出食品流通许可申请，应按照《食品流通许可证管理办法》的要求递交相关资料。
许可证发放部门受理人员向申办《食品流通许可证》的申请人发放《食品流通许可证申请书》，并一次性告知办理所需材料。
食品经营户办理食品流通许可证所需提供的书面材料：
（一）《食品流通许可申请书》；
（由申请人签字或盖章，已取得主体资格的加盖企业公章）
（二）名称预先核准通知书复印件。已取得主体资格的经营者申请增加食品经营项目的，提交营业执照副本复印件；
（三）经营场所的使用证明；
1、自有房产提交房屋产权证复印件；
2、租赁忘房屋提交租赁协议复印件以及出租方的房屋产权证复印件；
3、有关房屋未取得房屋产权证的，属于城镇房屋的，提交房地产管理部门的证明或者竣工验收证明、购房合同及房屋销售许可证复印件；
4、属非城镇房屋的，提交当地政府规定的相关证明；
5、出租方为宾馆、饭店的，提交宾馆、饭店的营业执照复印件；
6、使用军队房产作为住所的，提交《军队房地产租赁许可证》复印件。
（四）负责人及食品安全管理人员的身份证复印件；
1、食品安全管理人员是指企业内部专职或兼职的食品质量安全负责人；
2、个体工商户的食品安全专业技术工作和食品安全管理工作由业主承担
（五）委托书以及委托代理人或者指定代表的身份证明；
（六）食品安全管理制度文本；
1、食品进货查验记录制度；
2、食品销售安全管理制度；
3、从业人员健康检查管理制度；
4、法律法规规章规定应具备的其他制度条件。
（七）食品质量安全承诺书；
经营者自愿接受社会和群众监督，并为所经营的行为承担责任。
（八）经营设施空间布局和操作流程的文件；
1、食品经营设施空间布局图；
2、操作流程：审验供货商的经营资格，验明产品合格的证明文件和产品标识——清点、检查产品，建立食品进货查验记录制度，如实记录食品的名称、规格、数量、生产批号、保质期、供货者名称及联系方式、进货日期等内容—–上货架或贮存，定期检查库存食品，及时清理变质或者超过保质期的食品——–销售食品。
（九）经营设备清单；
（1）预包装食品经营者应具备相应的货架等设备；
（2）散装食品经营者应具备相应的防尘、防蝇等设备；
（3）冷藏食品经营者应具备冷藏箱（柜）等设施。
货架、冷藏柜、清洁容器、展示柜、消毒柜、勺子、其他设备和工具。
（十）省级以上工商局规定应提交的其他资料。
二、受理
许可机关收到《食品流通许可证申请书》及有关材料时，应当对申请事项及相关材料进行审查，并根据下列情况分别作出处理：
（1）申请事项依法不需要取得食品流通许可的，应当即时告知申请人不予受理。
（2）申请事项依法不属于许可机关职权范围的，应当即时作出不予受理的决定，并告知申请人向有关行政机关申请。
（3）申请材料存在可以当场更正的错误，应当允许申请人当场更正，由申请人在更正处签名或者盖章，注明更正日期。
（4）申请材料不齐备或者不符合法定形式的，应当当场或者5日内一次告知申请人需要补正的全部内容。当场告知时，应当将申请材料退回申请人。属于5日内告知的，应当收取申请材料并出具收到申请材料的凭据；逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理。
（5）申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照要求提交了全部补正材料的，许可机关应当予以受理。
三、审查
许可机关应对申请人提交的相关材料进行审查。决定受理的，应当经县级工商行政管理局通知申请人经营地工商所进行现场核查。
现场核查
（一）工商所受理申请或者收到上级工商行政管理局的指定核查通知后，应当在5个工作日内对经营现场实地核查；
（二）现场核查由工商所长指派2名以上执法人员，对申请人的经营场地、设施、人员、制度等条件进行现场核查；
（三）对未达到食品流通许可证发放条件的，应当提出整改意见，经限期整改仍达不到食品流通许可证发放条件的，撤销受理决定并告知申请人；
（四）对经现场核查，符合食品流通许可证发放条件的，应当填写《食品流通许可现场核查报告书》，由核查人员、所长或副所长签署意见，连同申请受理材料一并报审核机关审核