O(∩_∩)O~这个问题有无数人在问~发的我认同的理解~希望你喜欢~
这个结尾其实并不全面，庵野原本创作的初衷是想要说的是一个健全的人类的人格到底是什么，所以称为人类补完计划，这个结局反映的是真嗣内心的完全的转变，反映了他的成长，无论是现实的生活还是第三次冲击后的世界（这个一会解释），自己都将会有自己的人生轨迹，无论怎样，自己就是自己，要按照自己的方式生存下去。
至于TV版真正的结尾实际上不是这样的，EVA其实还有两部OVA，不知道你有没有注意到，在电视上播放的倒数第三集就是渚薫之死的那集的结尾的下集预告其实与电视上真正播放的下一集的内容是不符的，当然有部分电视台对这些做了处理，真正的结局是OVA两集的内容，而OVA才是真正衔接渚薫之死那集的后续，OVA1的内容是明日香的觉醒，OVA2则是第三次冲击的发生以及第二次冲击的真相，在OVA1中，SEELE组织挑起了联合国与神经元组织的战争，葛城美里为了保护真嗣坐上EVA而死，明日香在悲痛中觉醒，与EVA量产机展开了决战，但不幸中了SEELE的计，身负重伤，真嗣不得已驾驶初号机与SEELE展开了对抗，而凌波丽也化身为了人类的毁灭者大天使莉莉丝，诞下黑月，意图制造第三次冲击，让全人类回归LCL形态，而后重塑人类。OVA2中描述的是真嗣在被远古AT立场束缚的时候，见到了很多自己的朋友，包括渚薫等人，最终化为生命桤木，在这期间他思考着人生的意义，而在凌波丽的影响下，第三次冲击发生了，世界上的所有人类都回归了LCL形态，在LCL中，真嗣与凌波丽依偎在一起，凌波丽也承认自己是真心的想和真嗣永远在一起，但渚薫和Ayanami还是希望真嗣能从自己的回忆中找寻出自己生命的真谛，最后，所有关于EVA和神经元组织还有SEELE的真相大白于天下，真嗣在LCL中见到了自己的母亲，发现出了自己的父亲和母亲对自己的那份真实的但却迟到的爱，感悟出了生命的真谛，最后驾驶初号机，创造了人造神的觉醒，将已经化身为大天使莉莉丝的凌波丽杀死，但第三次冲击已经爆发，最后，真嗣回到了现实的世界，见到了明日香，这时，全世界只剩下他们两个人了，其他的人都已在第三次冲击中消失，真嗣不知为何想要杀死受伤但性命无碍的明日香，却根本下不了手，结尾时第三次冲击后的世界满目疮痍，最终的画面定格在二人在夕阳下，真嗣趴在明日香胸前痛哭，而明日香的手则抚摸过真嗣的脸颊，轻声的叹气说：“真受不了你啊”。
EVA是一部宗教色彩很浓的动漫作品，在动漫作品中出现了很多的宗教符号以及基督教的传说，可以说，动漫的设定也很有意思，EVA驾驶员是一男二女，我的理解是这个设定对应着伊甸园中的三个神话人物——真嗣=亚当，明日香=夏娃，凌波丽=莉莉丝，动漫作品说的是人类补完计划，其实说的就是，人类作为第18大天使，虽然拥有智慧之果的力量，但是人与人之间却无法达成真正的共识，所谓的第N次冲击其实就为了使人类在肉体和心灵达到统一的一种做法，让人类都回归莉莉丝之卵—黑月，人类补完，就是希望人类能在意识和物质构成上形成统一，让人与人之间能够连接的更加紧密，这就是人类补完计划的全貌，动漫作品中实际上表现的就是人面对自己的命运同神展开的抗争，当然最后真嗣和明日香的幸存也可以从一个侧面反映出了人类最后的胜利，可以说人类战胜的不单是是神，更重要的是战胜自身，抛弃成见，理解他人，庵野的这部作品寓意深刻，当然我个人的理解也非常肤浅，希望对你能有所帮助。
目前该部作品的全部内容可以再xunlei上下载到，建议你去看下，这部作品还是以部很好的作品，呵呵，最后说下，你所说的这个结局其实也是庵野大神的省钱绝招，仔细看气势拍的还是挺粗糙的，因为这个结局，庵野大神还在新闻发布会的现场与EVA迷们发生了冲突，不过接下来制作的OVA2集为EVA画上了一个完美的句号，算是给大家一个很好的交待吧，呵呵！