简单解释<都是个人理解,有误地方就请lz自行发掘了>
人类发现了神（也就是亚当，eva系列的原型，在动漫里提到的，南极的发光巨人，实体就是亚当，第一使徒），想把神据为己有，于是制作了eva系列。
而3位驾驶员，零号机，绫波丽，她的身体是真嗣他爸利用真嗣妈妈的dna制作的复制体，而丽的灵魂则是第二使徒莉莉丝的灵魂，莉莉丝就是tv版里第24集，渚熏控制2号机到达中央教条区看到的白色巨人。
1号机让真嗣来驾驶的原因是，在1号机启动实验中负责实验的驾驶员是真嗣的妈妈唯，但是启动实验失败，唯与1号机合为一体了。
2号机的明日香和真嗣的原因是一样，关于明日香妈妈的事情，在真25话和26话中有交代。顺便告诉lz，真25
26中，明日香大站量产机的那段非常的帅。
真嗣老爸的最终目的是以还原为卵的亚当为媒介，由丽带他去和莉莉丝融合，以达到他见到唯的目的。
而seele的目的则是让全人类进行人类补完计划，tv版中最后两集主要是以真嗣的心灵补完为中心的，所以看不懂很正常，真结局是后来出的真25
26话，其结局才是庵野秀明开始策划的结局，结果是丽背叛真嗣他爸，和莉莉丝融合，引发了第三次冲击，全人类变成鲜橙多。

EVA最后一集是什么意思？看了几遍也看不懂，有谁知道吗？

你说的是TV版的，还是像剧场版的？

TV版的25和26集你可以无视了，那个是骗钱的

如果是像电影一样长的才是真正的大结局，名字应该叫   AIR/真心为你 

如果你是看的第二个，那个讲的是使徒被消灭光，SEELE欺骗联合国向NERV发起攻击，妄图夺取初号机和二号机，一顿打闹后，二号机驾驶员明日香从困惑中觉醒，开始反击联合国军队，但是SEELE亮出王牌——EVA量产机，二号机被吃。真嗣驾驶初号机出动，凌波丽背叛碇源度，吸收了碇源度手上的亚当后飞升和莉莉丝融合，初号机召回朗基努斯枪完成仪式，莉莉丝问真嗣想怎么做，真嗣说：你们全去死，我也去死。

于是仪式开始，莉莉丝释放强大反AT立场，人类肉体解体，化成LCL。但后来真嗣后悔了，他想到朋友、亲人····他还是离不开这个复杂的世界，就算自己的感情再次被背叛，他也要和大家再见一面，因此初号机让莉莉丝瓦解，真嗣和明日香凭自我意识从LCL之海中还原肉体，成为新世纪的亚当和夏娃，少年们完成了心灵上的补完，完美大结局